機械、高科技產業、生物科技產業等,二大園區大埔美智慧型工業園區(大埔美精密機械園區)、馬稠後工業園區(馬稠後產業園區),其他尚有水上南靖工業園區(水上南靖產業園區)和中埔公館工業園區(中埔公館產業園區),以及興建中的科技部南科嘉義園區與國家中山科學研究院-航太暨無人機院區。
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