林邊鄉東邊有林邊溪流經,為該鄉的主要河川。林邊溪發源於南大武山(中央山脈的一部份,標高2,880公尺)西南麓,主流長度為42.19公里,主要支流為力里溪,並流經泰武、來義、新埤、佳冬、林邊等五鄉,最後在林邊鄉東南端與佳冬鄉的交界處流入臺灣海峽:45、62。林邊鄉的排水系統主要有南埔埤排水、海豐埤排水、八甲頭新埤排水
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