農委會中部辦公室及第二辦公室(2004年整併為農糧署),原所屬機關改隸為農委會附屬機關。 2004年1月30日,行政院農業委員會林業處裁撤,原森林科及保育科業務由林務局承接、原水土保持科業務由水保局承接、原水利科由新成立的農田水利處承接。 2010年2月3日,總統令修正公布《行政院組織法》,農委會確定將升格為「農業部」。
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