鄭克塽降清,臺灣入清朝疆域,翌年4月設臺灣府,隸屬福建省,其下分設3縣,改天興州為諸羅縣,分萬年州為臺灣、鳳山2縣。 打狗地近臺南,且腹地有漁、鹽、糖、米之利,故有「南路米由打狗販運」之說,使打狗在漁港機能外,又具有地區性商港的功能。清代中葉以後,由於安平港淤淺,以致於「海泊往來遂不赴鹿耳,而趨打狗」,遂使打狗的商業活動漸居重要性。
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